El servicio de desagüe constituye uno de los servicios básicos más importantes dentro de un hogar, su carencia es un potencial para el estado de morbilidad de los miembros del hogar.

Durante 1997, más de la mitad, 50,8% de los hogares del país cuentan con servicio higiénico conectado a red pública dentro y fuera de la vivienda, una cuarta parte de hogares no dispone de algún tipo de servicio higiénico, mientras que el 22,4% tiene acceso a pozo ciego o negro y el 1,3% elimina sus excretas en los ríos, acequias o canales.

Por área de residencia se observa que el 73,5% de los hogares urbanos tiene acceso a desagüe dentro y fuera de la vivienda, los hogares que hacen uso de pozo ciego o negro representan el 16% y el 9,4% carecen de algún tipo de servicio higiénico. En el área rural el 58,5% de los hogares no disponen de desagüe, más de un tercio de hogares utilizan pozo ciego, el 4,5% cuenta con desagüe y el 1,7% hace uso de los ríos, acequias o canales para eliminar sus excretas.