De acuerdo al Censo de 1993, la población de las comunidades indígenas es de 299,218 habitantes, distribuida en 1450 comunidades pertenecientes a 65 pueblos étnicos (48 de ellos censados). Los departamentos que concentran las mayores proporciones de población indígena son Loreto (83,746), Junín (57,530), Amazonas (49,717) y Ucayali (40,463). El departamento de Loreto reúne la mayor diversidad de pueblos étnicos. Las comunidades con mayor población en dicho departamento son los Chayahuita (22%), los Quichua-Napo-Pastaza (17%), los Cocama-Cocamilla (15%) y los Aguaruna (8%). La composición por edad de la población de las comunidades indígenas muestra una estructura extremadamente joven, producto de su elevado nivel de fecundidad. El 49.7% de la población tiene entre 0 y 14 años, mientras que el 48.8% tiene entre 15 y 64 años y sólo el 1.5% tiene más de 65 años. El índice de masculinidad de este grupo poblacional es de 109 hombres por cada 100 mujeres, superior al promedio nacional que es de 99. El nivel educativo de la población indígena difiere sustancialmente del promedio nacional. El porcentaje de la población sin nivel educativo y pre-escolar es de 32% mientras que el 49% tiene algún nivel de educación primaria y sólo el 15.5% tiene algún año de secundaria y/o superior. Factores como repitencia, ausentismo y la ausencia de una educación bilingüe intercultural, inciden principalmente en la deserción escolar que afecta particularmente a la población femenina. Entre los Achual, Chayahuita y Campa Pajonalino se encuentra la mayor proporción de niños fuera del sistema educativo. El Censo de 1993 revela que el 13% de la población del país es analfabeta, en las comunidades dicha proporción se eleva a 33%. Por sexos la diferencia es aún mayor, el 44% de las mujeres en las comunidades es analfabeta frente a un 23% en la población masculina. La situación de unión conyugal de la población de las comunidades indígenas es diferencial por edad, aunque la poligamia influye en las características del estado civil, principalmente en las mujeres. El 15% de las jóvenes de 15 a 19 se encuentra en unión de hecho mientras que sólo el 4% de los jóvenes de la misma edad está en dicha condición.

Las tecnologías tradicionales usadas en los sistemas de subsistencia indígena coadyuva en la incorporación de los niños y los jóvenes a la actividad productiva. La población económicamente activa de las comunidades indígenas está conformada por el 56%, mientras que el 44% es dependiente. La actividad productiva en las comunidades indígenas se concentra principalmente en el sector primario incorporando al 87% de la PEA Ocupada Indígena, en tanto que el 3% y el 10% de dicha población se ubican en los sectores secundario y terciario respectivamente. Estudios realizados señalan que el nivel educativo de los padres influye en las tendencias de fecundidad de la población. Las mujeres que estudian 11 años o que concluye su secundaria tienen una diferencia de hasta 3 hijos menos que las que no tienen estudios. Así, la educación y el lugar de residencia de las madres son factores que inciden en la marcada diferencia de fecundidad y mortalidad infantil. Tanto la fecundidad como la mortalidad infantil muestran claras diferencias entre una comunidad y otra. En promedio la mortalidad infantil fluctúa entre 99 y 153 por mil hijos nacidos vivos y la fecundidad entre 7.4 y 11.2 hijos por mujer. La comunidad que presenta el nivel más alto de mortalidad infantil es la Shipibo-Conibo con 153 defunciones, mientras que el nivel más bajo se encuentra entre los Campa Asháninka con 99 defunciones por cada mil nacimientos. El nivel de fecundidad más alto se encuentra en las Comunidades Quichua-Napo-Pastaza y Huambisa con 11 hijos por mujer como promedio, mientras que el nivel más bajo está entre los Lamas - Chachapoyas con 7.4 hijos. Entre los factores explicativos de mayor importancia sobre los altos niveles de fecundidad y mortalidad infantil, y de sus marcadas diferencias con otros contextos, se encuentra la extrema pobreza en que vive cada una de las comunidades indígenas. Ello se refleja en las precarias condiciones de vida, en especial los bajos niveles de educación alcanzados por la población, situación que se agrava por la elevada tasa de analfabetismo femenino, especialmente en las mujeres de 12 a 49 años de edad.