En el 2007, con la incorporación  del Asistente Personal de Campo PDA como instrumento para la recolección de datos, el entrenamiento de Entrevistadoras  y Supervisoras fue realizado en 15 días, entre el 4 y el 18 de enero; ocho días fueron dedicados a los aspectos conceptuales y de procedimiento para la recolección de datos en los  cuestionarios físicos; y, siete días a la recolección de datos con el PDA. Las Antropometristas, quienes también fueron adiestradas en recolección de datos, durante siete días,  entre el 19 y el 24 de enero, fueron capacitadas y estandarizas por el CENAN en la técnica de Medición Antropométrica. En este evento que fuera realizado en la modalidad de internado participaron 38 personas las mismas que en su mayoría se habían desempeñado antes como Entrevistadoras, Antropometristas y Supervisoras de la ENDES Continua. La capacitación en el uso del PDA estuvo a cargo del señor Guillermo Rojas, Jefe de Procesamiento de ORC Macro International. 

En el 2008, el Taller de Capacitación tuvo una duración de 17 días calendarios, del 2 al 18 de febrero, bajo la modalidad de internado al igual que en el 2007, con la finalidad de establecer criterios y procedimientos que permitiese recolectar una información veraz y coherente. Las participantes fueron 18 monitoras, 29 aspirantes a antropometristas y 60 aspirantes a entrevistadoras, de las cuales el 79,8 por ciento estaba representado por profesionales de la salud. En esta oportunidad, el número de Equipos de Trabajo creció de 7 a 19 por lo que se incrementó el número de participantes. 

El curso fue conducido por el equipo técnico del INEI, con asesoria de ORC MACRO. La evaluación del personal fue permanente, comprendió cuatro exámenes de conocimiento (40,0 por ciento), dos prácticas de campo (30,0 por ciento), una práctica de gabinete (20,0 por ciento) y la nota de asistencia y puntualidad (10,0 por ciento); complementariamente, se aplicaron dos prácticas de campo. Al final de la capacitación, las participantes lograron conocer y ser capaces de efectuar el diligenciamiento de los cuestionarios de la ENDES 2008, de manera homogénea y estandarizada. Asimismo, lograron conocer y asumir sus responsabilidades y funciones.

La recolección de datos en los 283 conglomerados de la ENDES 2007, se efectuó de manera proporcional entre el 26 de enero y el 05 de octubre de 2007, actividad que estuvo a cargo de 07 Equipos de trabajo, cada uno integrado por: 01 Supervisora, 01 Antropometrista; y, 02 Encuestadoras. En la ENDES 2008, entre el 19 de febrero y el 27 de junio, se efectuó la recolección de datos en 532 de los 722 conglomerados trabajados; es decir, del 74,0 por ciento de conglomerados. En esta primera etapa, la recolección de datos fue realizada por 19 Equipos de Trabajo, integrado cada uno de ellos por: 01 Supervisora, quien para el caso fue personal con por lo menos dos años de experiencia sea como Supervisora o Entrevistadora de la ENDES Continua, 01 Antropometrista; y, 03 Encuestadoras.

La recolección de datos en los 170 conglomerados restantes (26,0 por ciento) se efectuó entre el 01 de agosto y el 25 de octubre de 2008, en modalidad similar a la ENDES 2007 pero con diez Equipos de Trabajo y empleando el PDA como instrumento de recolección de datos.

El control de calidad de la información se realizó a través de las Supervisoras nacionales y locales.  La supervisión nacional estuvo a cargo del equipo técnico del proyecto y se realizó mensualmente en el 2007 y quincenalmente en el año 2008. Adicionalmente, se monitoreó vía telefónica con línea abierta las 24 horas del día, consultando y registrando el avance reportado en la implementación de la muestra.

El personal de campo estuvo constituido, en su gran mayoría, por residentes habituales de cada departamento, factor que facilitó el contacto con las personas entrevistadas y la captación de información confiable, al haberse controlado el recelo natural que despiertan personas ajenas al lugar.

El procesamiento de datos se realizó en la sede central del INEI, Área de Procesamiento de Datos, comprendió tres tareas: Crítica-codificación, Digitación y Consistencia de Datos.

La crítica de los cuestionarios fue una actividad que se inició en el campo, donde la Supervisora revisaba y verificaba la consistencia de la información contenida en los cuestionarios. En la Sede Central, los cuestionarios fueron codificados y consistenciados en su estructura básica, agrupados en sus respectivos conglomerados, para su digitación.

La digitación de datos se ejecutó con el programa interactivo CSPro, versión para Windows del programa ISSA (Sistema Integrado para Análisis de Encuestas). CSPro es un programa avanzado para microcomputadoras diseñado por Macro International, el Census Bureau de Estados Unidos y la compañía SERPRO, para encuestas de cierta complejidad como la ENDES Continua 2007-2008, que permitió agilizar el ingreso de información, consistencia, corrección y elaboración de tabulaciones, haciendo posible la presentación de resultados al poco tiempo de terminado el trabajo de campo. El programa también permitió realizar tabulaciones especiales, con evaluaciones de calidad de la información a partir de los primeros días del trabajo de campo, que facilitó la retroalimentación de Supervisoras y Encuestadoras; así como el seguimiento al rendimiento de las Entrevistadoras. Para minimizar los errores de digitación, todos los cuestionarios fueron digitados dos veces.