Característica importante del territorio peruano es la multiplicidad de pisos ecológicos distribuidos longitudinal y altitudinalmente en forma sucesiva, cambiando en otros espacios verticales y horizontales, originados por la interacción de los factores naturales explicados anteriormente.

Cada uno de estos pisos ecológicos o grandes ecosistemas tiene sus propias características en cuanto a clima, suelo, especies de flora, fauna y germoplasma nativos, lo que determina sus posibilidades de uso sostenido.

En el Mar Peruano, se presenta una diversidad de variaciones locales, debido a procesos oceanográficos: afloramiento y el Fenómeno del Niño, a características topográficas del fondo y a la conformación de la línea costera. En general, se pueden identificar 4 zonas biogeográficas bien definidas;

1. La zona de agua templada, influenciada por la Corriente Costera Peruana o Corriente de Humboldt, entre los 7° y 18° Latitud Sur con un ancho de 60 a 100 millas, según las épocas del año y que constituye una de la zonas más productivas de todos los mares del mundo.

2. La zona de aguas tropicales entre los 3° y 4° Latitud Sur con una fauna similar a la que existe desde la Península de California y que algunos denominan la Provincia faunística Pacifico-Panameña;.

3. La zona intermedia, entre las dos ya nombradas, donde se notan algunas veces influencias de aguas templadas y otras de aguas tropicales, entre los 4° y los 7° Latitud Sur, y por lo tanto, con especial diversidad biológica;

4. La zona oceánica, más allá de las 80 a 100 millas de distancia y hasta las 200 millas del dominio marino peruano, con aguas cálidas y una fauna de grandes nadadores ubiquistas.

En el norte del Perú, la complejidad orográfica de las cadenas andinas genera una sucesión muy complicada de pisos ecológicos diversos que van desde el mar tropical, el desierto, el bosque seco, los bosques templados, la jalca, la ceja de selva y los bosques tropicales amazónicos.

En el centro del Perú, la sucesión de pisos ecológicos es aún más compleja desde el mar frío, el desierto costero, los valles cálidos (yunga), el piso quechua, el piso suni, la puna, los altos Andes (janca), los valles cálidos orientales (yunga fluvial), la ceja de selva (bosques de neblinas), la selva alta (rupa-rupa) y la selva baja (omagua).

En el sur del país la variación tiene otras característica, desde el mar frío, el desierto, los valles cálido (yunga), el piso quechua, el piso suni, la puna, los altos Andes, el Altiplano, el desierto frío altoandino, la yunga fluvial, la ceja de selva, la selva baja, y la selva alta. Es importante resaltar el Altiplano, con la cuenca endorreica del lago Titicaca, constituye un ecosistema de particular importancia.

En el oriente peruano, además de las diferencias por pisos ecológicos, se identifican dos grandes ecosistemas: áreas inundables, en donde existen una alternancia de fases terrestres y acuáticas, en las cuales el agua fluvial juega un rol importante y áreas no inundables, ubicadas en tierras de altura.