Por primera vez en la historia de los Censos del Perú, se consideró la incorporación de los pueblos étnicos de la Amazonía, en el levantamiento del IX Censo de Población y el IV de Vivienda de 1993, de esta manera se cuenta con el "I Censo de Comunidades Indígenas de la Amazonía Peruana". Las Comunidades Indígenas constituyen una población dispersa a lo largo y ancho de la Amazonía, conformando familias lingüísticas, y grupos étnicos al interior de ellas, quienes viven en medio de ciertos factores climáticos comunes, donde -a decir de Barclay y Santos- su aparente homogeneidad oculta una gran diversidad de ecotipos, tipos de suelo, potencialidad de recursos y situaciones sociales. La exuberancia de su vegetación, que sugiere una gran fertilidad, oculta una realidad de formaciones geológicas antiguas y suelos pobres en nutrientes, y la extrema fragilidad del ecosistema. La Amazonía no es ni tan fértil, ni tan homogénea. Las diferencias entre selva alta y baja, entre tierras ribereñas e interfluviales y la potencialidad de uso de sus suelos así lo demuestran. En medio de las diferentes adversidades climáticas, geográficas y lingüísticas, se llevó a cabo el Censo de Población, teniendo como estrategia la incorporación de un representante de las organizaciones indígenas en todos los niveles de la estructura orgánica censal (desde el Comité Ejecutivo Regional hasta el Comité Ejecutivo Distrital). A nivel de la sede central se conformó un Comité Especial para el empadronamiento en las comunidades indígenas, integrado por técnicos del INEI y representantes de los organizaciones indígenas a nivel nacional. La Asociación Interétnica de Desarrollo de la Selva Peruana (AIDESEP), y la Confederación de Comunidades Nativas de la Amazonía Peruana (CONAP), tuvieron una permanente labor de coordinación en todo el proceso del trabajo de campo. Es posible, que en la fase de recopilación de información, no se haya llegado a los últimos confines de la Amazonía donde se encuentran grupos étnicos nómades de escaso contacto con la sociedad, por lo que el total de la población censada como la estimada, no sea la fotografía exacta de dicha población en cuanto a su volumen. Pero sí estamos seguros de que es una información de gran importancia, ya que por primera vez en nuestra historia, contamos con datos que reflejan las características y las tendencias de una población que siempre ha vivido al margen de la sociedad peruana.

Gracias al "I Censo de Comunidades Indígenas de la Amazonía Peruana", hoy contamos con información demográfica (edad, sexo, número de hijos nacidos vivos, número de hijos fallecidos antes de cumplir el primer año de vida), sus características socio-económicas tales como: analfabetismo, nivel de educación, estado civil, religión y ocupación. Además en un cuestionario especial absuelto por el "Jefe" de cada grupo étnico, se recopiló información complementaria sobre las características socio-económicas propias de cada centro poblado: ubicación geográfica, territorio o extensión que ocupan, características de la infraestructura educativa, de servicios de salud; actividad económica, ocupación principal y migración. Cuestionario que permitirá plantear nuevos estudios integrales sobre la realidad socio-económica de las comunidades indígenas de la Amazonía peruana. Finalmente, cabe recalcar, que el levantamiento censal en las comunidades nativas no fue un caso corriente de administración de un cuestionario censal, tanto por la dificultad o el desconocimiento de la lengua local, que impidió la recolección directa de los datos, como por la existencia de significativas barreras culturales y tabúes sociales en relación a los fenómenos que se investigan en el censo. Por lo señalado, la elaboración y la estimación de las variables pasaron por una serie de evaluaciones; primero se determinó el tamaño y la estructura de la población de cada grupo étnico y de subgrupos significativos dentro de ella (número de mujeres en edad reproductiva, número de hijos nacidos vivos, número de hijos fallecidos antes de cumplir el primer año de vida) que puedan ser cuantificadas desde una perspectiva del impacto de hechos sobre la población total, como es el caso de la mortalidad infantil. Salvo algunas omisiones, las estimaciones que presentamos responden a realidades latentes en cada una de las comunidades indígenas, que viven, a puertas del siglo XXI, en un mundo muy aparte, marginados, y en situación de pobreza extrema, cuando los adelantos técnicos en general y de la ciencia médica en particular, vienen revolucionando el mundo entero.