San Martín es el quinto departamento en cuanto al número de población indígena con un aproximado de 24,319 habitantes, lo que representa el 4% de la población total del mismo y provienen de cuatro familias lingúísticas. Dicha población está distribuida en diferentes pueblos étnicos en cada una de sus provincias con excepción de Mariscal Cáceres. Las provincias que tienen los mayores contingentes de población indígena son

Lamas (7,624 habitantes), San Martín (6,182 habitantes) y El Dorado (3,928 habitantes). Los Lamas Chachapoyas están en las provincias de Mariscal Cáceres, Huallaga, El Dorado, Bellavista, Picota y San Martín. Existen distritos donde la gran mayoría de su población pertenece a comunidades indígenas; tal es el caso de los distritos de Alto Saposoa (51%), Piscoyacu (65%) en la provincia de Huallaga y Shapaja (99%) en la provincia de San Martín.

Del total de pueblos étnicos destacan los Lamas Chachapoyas (22,513 habitantes), ubicados exclusivamente en este departamento.

Del total de pueblos étnicos destacan los Lamas Chachapoyas (22,513 habitantes), ubicados exclusivamente en este departamento, representando el 93% del total de población indígena, seguido por los Aguaruna con una población de 1,789 habitantes, los que se encuentran en una pequeña extensión entre las provincias de Moyobamba y Rioja.

Los niveles de analfabetismo de las mujeres de 12 a 49 años entre los Lamas Chachapoyas llega a 21% mientras que en los Aguarunas al 43%. Entre los Lamas Chachapoyas el 63% de la población total tiene algún nivel de educación primaria y el 13% de secundaria. Entre los Aguaruna de San Martín dicha proporción es de 48% para la educación primaria y de 8% para la secundaria, siendo marcadamente diferenciada por sexo en beneficio de los hombres.

Los niveles de analfabetismo de las mujeres de 12 a 49 años entre los Lamas Chachapoyas llega a 21% mientras que en los Aguarunas al 43%.

Los bajos niveles de analfabetismo femenino entre los Lamas Chachapoyas sumado a una mayor proporción de población con algún nivel de educación secundaria, en comparación con lo que se observa en los Aguarunas, sería una de las razones de la diferencia en los niveles de fecundidad. La mortalidad infantil entre los Aguaruna de 117 por mil nacidos

vivos, con una fecundidad de 11 hijos por mujer, mientras que entre los Lamas Chachapoyas dicha relación es de 114 por mil hijos nacidos a 7.4 hijos por mujer. Cifra que a su vez muestra brechas abismales con el promedio departamental.

La mortalidad infantil entre los Aguaruna es de 117 por mil nacidos vivos, con una fecundidad de 11 hijos por mujer.