Una de las características más saltantes de la diversidad biológica del mar peruano, es la gran cantidad de especies para la Provincia Panameña y menor para la Peruana, no obstante la mayor longitud de esta última. Otra peculiaridad es su alta variabilidad, debido en parte, a la tropicalización del ambiente y la migración de especies nuevas de origen tropical, provocadas por el Fenómeno de El Niño.

Otra característica del ecosistema marino peruano, consiste en la existencia de áreas refugio, que son zonas propicias, donde las especies migrantes, principalmente aves procedentes del hemisferio Norte, encuentran alimento y óptima temperatura para el desarrollo de su ciclo vital, lo que le confiere importancia especial para mantener la biodiversidad marina no sólo de esta parte del continente sino del Pacífico Nororiental.