De acuerdo a la información proporcionada por los Censos de 1993, los pueblos indígenas de la Amazonía profesan la religión católica en sólo un 57%. La presencia de la religión evangélica es importante, al interior de las distintas comunidades con un 29%. El 6% de la población declara profesar otras religiones y el 8% declaró no profesar ninguna.

No se observan mayores diferencias por sexo en cuanto a la religión. Excepcionalmente en las comunidades Aguaruna y Campa del Gran Pajonal la población profesa mayoritariamente la religión evangélica y sólo alrededor de un 25% la religión católica.

Los pueblos indígenas de la Amazonía profesan la religión católica en sólo un 57%.